Определение РНК коронавирусов SARS-CoV-2 и подобных SARS-CoV методом ПЦР в режиме реального времени

Коронавирусная инфекция COVID-19 (SARS-CоV-2) определение РНК

Метод исследования: полимеразная цепная реакция в режиме реального времени с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР)

Единицы измерения: — (качественное определение)

Аналитическая чувствительность тест-системы – 5*10^2 копий /мл

Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) 11 февраля 2020 г. присвоила официальное название инфекции, вызванной новым коронавирусом, – COVID-19 («Coronavirus disease 2019»). Международный комитет по таксономии вирусов 11 февраля 2020 г. присвоил официальное название возбудителю инфекции – SARS-CoV-2. В настоящее время сведения об эпидемиологии, клинических особенностях, профилактике и лечении этого заболевания ограничены. Известно, что наиболее распространенным клиническим проявлением нового варианта коронавирусной инфекции является двусторонняя пневмония, у 3- 4% пациентов зарегистрировано развитие острого респираторного дистресссиндрома (ОРДС).

До 2002 г. коронавирусы рассматривались в качестве агентов, вызывающих нетяжелые заболевания верхних дыхательных путей (с крайне редкими летальными исходами). В конце 2002 г. появился коронавирус (SARS-CoV), возбудитель атипичной пневмонии, который вызывал тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС) у людей. Данный вирус относится к роду Betacoronavirus.

В 2012 г. мир столкнулся с новым коронавирусом MERS (MERS- CoV), возбудителем ближневосточного респираторного синдрома, также принадлежащему к роду Betacoronavirus.

Новый коронавирус SARS-CoV-2 представляет собой одноцепочечный РНК-содержащий вирус, относится к семейству Coronaviridae, относится к линии Beta-CoV B. Вирус отнесен ко II группе патогенности, как и некоторые другие представители этого семейства (вирус SARS-CoV, MERS-CoV).Считается, что коронавирус SARS-CoV-2 является рекомбинантным вирусом между коронавирусом летучих мышей и неизвестным по происхождению коронавирусом. Генетическая последовательность SARSCoV-2 сходна с последовательностью SARS-CoV по меньшей мере на 79%.

Входные ворота возбудителя – эпителий верхних дыхательных путей и в меньшей мере — эпителиоциты желудка и кишечника. Начальным этапом заражения является проникновение SARS-CoV-2 в клетки-мишени, имеющие рецепторы ACE2. Эти рецепторы представлены на клетках дыхательного тракта, почек, пищевода, мочевого пузыря, подвздошной кишки, сердца, ЦНС. Однако основной и быстро достижимой мишенью являются, в первую очередь, альвеолярные клетки II типа (AT2) легких, что определяет развитие пневмонии. Есть данные, что распространение SARS-CoV-2 из кровотока может привести к поражению головного мозга. Изменение обоняния у больного на ранней стадии заболевания может свидетельствовать об отеке слизистой оболочки носоглотки и о возможном поражении центральной нервной системы. Необходимо отметить, что многие аспекты патогенеза коронавирусной инфекции сегодня нуждаются в дальнейшем комплексном изучении.

Основным источником инфекции является больной человек, в том числе находящийся в инкубационном периоде заболевания.

Передача инфекции осуществляется воздушно-капельным, воздушно-пылевым и контактным путями. Ведущим путем передачи SARS-CoV-2 является воздушно-капельный, который реализуется при кашле, чихании и разговоре на близком (менее 2 метров) расстоянии. Контактный путь передачи осуществляется во время рукопожатий и других видах непосредственного контакта с инфицированным человеком, а также через пищевые продукты, поверхности и предметы, контаминированные вирусом.

Известно, что при комнатной температуре SARS-CoV-2 способен сохранять жизнеспособность на различных объектах окружающей среды в течение 3 суток. По имеющимся научным данным возможен фекально-оральный механизм передачи вируса.

Инкубационный период составляет от 2 до 14 суток, в среднем 5-7 суток. Для COVID-19 характерно наличие клинических симптомов острой респираторной вирусной инфекции:

• повышение температуры тела (>90 %);
• кашель (сухой или с небольшим количеством мокроты) в 80 %случаев;
• одышка (55 %); утомляемость (44 %); ощущение заложенности в грудной клетке (>20 %).

Также могут отмечаться боль в горле, насморк, снижение обоняния и вкуса, признаки конъюнктивита. Наиболее тяжелая одышка развивается к 6-8-му дню от момента инфицирования. Также установлено, что среди первых симптомов могут быть миалгия (11 %), спутанность сознания (9 %), головные боли (8 %), кровохарканье (5%), диарея (3%), тошнота, рвота, сердцебиение. Данные симптомы в дебюте инфекции могут наблюдаться и при отсутствии повышения температуры тела.

Диагноз устанавливается на основании клинического обследования, данных эпидемиологического анамнеза и результатов лабораторных исследований.

Лабораторная диагностика этиологическая: выявление РНК SARS-CoV-2 с применением методов амплификации нуклеиновых кислот. Метод обладает высокой чувствительностью и специфичностью.

Факторы риска тяжелого течения заболевания:

• возраст старше 65 лет;
• хронические заболевания бронхо-легочной и сердечно-сосудистой системы;
• бронхиальная астма;
• сахарный диабет.

За 3-4 часа до взятия мазков из ротоглотки (зева) не употреблять пищу, не пить, не чистить зубы, не полоскать рот/горло, не жевать жевательную резинку, не курить. За 3-4 часа до взятия мазков из носа не закапывать капли/спреи и не промывать нос. Не использовать до взятия биоматериала спреи для горла в течение 24 часов

• скрининговые исследования условно здорового населения
• наличие симптомов заболевания
• прибытие из стран с опасной эпидемиологической ситуацией по коронавирусной инфекции
• наличие контактов с людьми, у которых лабораторно подтвержден COVID-19, или с теми, кто прибыл из стран с высоким уровнем распространения COVID-19
• нахождение последние 14 дней на территории, неблагополучной по COVID-19 (включая крупные города ( Москва, С-Петербург и др)
• контакт с инфицированным COVID-19
• наличие любых симптомов ОРВИ

Отрицательный результат: в момент исследования отсутствие коронавирусной инфекции, вызванной COVID-19

Положительный результат: наличие инфицированности COVID-19